建设有微生物菌剂开发与应用国家地方联合工程研究中心、海西农业微生物菌剂---国际科技合作基地、农业部福州热带作物科学观察实验站、福建省中药资源保护利用与共享平台等13个国家、省部级科研平台。建立了国际上最大的芽胞杆菌菌株资源库，保存了3.8万株芽胞杆菌，发现了13个芽胞杆菌新种，测定了200多个芽胞杆菌模式菌株的基因组序列；收集保存了国内外1.7万多份土壤样品、西甜瓜与苦瓜种质资源620多份、药用植物资源700多份。

主要开展微生物基础生物学、农业微生物药物、芽胞杆菌资源收集与开发利用，国内外经作良种资源收集、保存、创新与利用，药用植物的资源评价、良种创新、质量控制及功效等研究；利用芽胞杆菌资源创建了微生物大栏养猪技术及畜禽废物资源化利用的新模式。与德国、美国、以色列、日本和加拿大等国的大学和研究机构开展广泛合作与交流。

建所以来，获省部级以上科技成果奖励17项，其中，国家科技二等奖1项（参加），省部级一等奖2项、二等奖8个、三等奖6项，其他奖项近40项。品种认定29个，授权专利37个(发明专利26个)。