全院创新团队36个，其中重点创新团队12个，培育创新团队12个，青年创新团队12个。
（一）重点创新团队（12个）
1、水稻创新团队
建设依托单位: 水稻研究所
首席专家：黄庭旭
研究重点：（1）优质、抗病、广适应性水稻新品种选育。（2）优质、抗逆水稻分子设计育种。（3）水稻种质创新与利用。
2、蔬菜创新团队
建设依托单位: 作物研究所
首席专家：温庆放
研究重点：（1）耐弱光、耐高（低）温、耐湿性强、高抗或兼抗的茄果类设施专用品种选育。（2）葫芦科、十字花科等福建大宗、优势、特色及冬季栽培蔬菜品种选育。（3）大棚设施、高山和冬季露地栽培技术研究、集成与示范。
3、茶叶创新团队
建设依托单位: 茶叶研究所
首席专家：余文权
研究重点：（1）高香、早生、特异叶色、适合机采的茶树新品种选育。（2）商品茶全程机械化生产关键技术。（3）茶园化肥减施与主要害虫绿色防控技术。
4、果树创新团队
建设依托单位: 果树研究所
首席专家：郑少泉
研究重点：（1）龙眼枇杷种质创新与提质增效技术。（2）落叶果树桃、李、梨等新品种选育与提质增效技术。
5、畜牧兽医创新团队
建设依托单位: 畜牧兽医研究所
首席专家：黄瑜
研究重点：（1）畜禽新发或重要疫病分子流行病学、病原学研究。（2）快速诊断和防控技术研究。（3）研发快速诊断试剂盒和新疫苗。
6、食用菌创新团队
建设依托单位:食用菌研究所
首席专家：林衍铨
研究重点：（1）双孢蘑菇工厂化专用新品种选育及工厂化制种、栽培工艺研发与示范。（2）珍稀食用菌品种选育与工厂化栽培技术。（3）绣球菌功能成分增效技术研究及其产品创制。
7、作物分子设计创新团队
建设依托单位: 生物技术研究所
首席专家：王锋
研究重点：（1）水稻功能基因组学及育种方法创新研究。（2）水稻分子模块材料创制。（3）水稻新品种培育。
8、植物保护创新团队
建设依托单位: 植物保护研究所
首席专家：陈庆河
研究重点：（1）重要作物病虫害流行规律和预警监测技术。（2）农药减施增效技术。（3）重要作物病虫害绿色防控新技术。
9、生态农业创新团队
建设依托单位: 土壤肥料研究所
首席专家：黄毅斌
研究重点：（1）绿肥、牧草种质资源研究与品种选育利用。（2）土壤培肥与减量化施肥研究。（3）农业化学品应用与农业环境质量研究。
10、食品加工创新团队
建设依托单位: 农业工程技术研究所
首席专家：何志刚
研究重点：（1）建立微生物菌种及加工原料资源库；选育酿造曲霉、酵母等特异特性微生物。（2）研发生物定向调控加工与活性物质提取技术；创制功能营养食品；研发食品加工副产物综合利用新技术。（3）果蔬生物活性物质与功能性食品创制。
11、农业微生物创新团队
建设依托单位:农业生物资源研究所
首席专家：王阶平
研究重点：（1）农业微生物资源挖掘与利用。（2）新型微生物菌剂研究与应用。（3）养殖业动物粪便的微生物治理及其资源化利用。
12、农产品质量安全创新团队
建设依托单位: 农业质量标准与检测技术研究所
首席专家：傅建炜
研究重点：（1）质量安全风险评估及质量安全大数据研究。（2）质量安全快速检测技术研究，并制定相关技术标准和公共服务平台。（3）产地环境安全主导因子的评价及产地质量安全分级关键技术研究；建立基于互联网和物联网的质量安全追溯系统。
（二）培育创新团队（12个）
1、畜禽育种创新团队
建设依托单位: 畜牧兽医研究所
首席专家：黄勤楼
研究重点：（1）高产青壳蛋鸭育种攻关与高效养殖关键技术研发。（2）草食动物（羊、兔）新品系的选育与智能化饲养技术研发。
2、生物防治资源利用创新团队
建设依托单位: 植物保护研究所
首席专家：余德亿
重点任务：（1）捕食性天敌资源挖掘与产品研发。（2）生防微生物资源筛选与产品研发。
3、薯类作物创新团队
建设依托单位: 作物研究所
首席专家：邱思鑫
重点任务：（1）优质叶菜型和“菜粮”两用型甘薯品种创新及栽培技术研究。（2）早熟、优质菜用型和耐寒、抗病马铃薯品种创新及减肥减药绿色栽培技术研究。
4、新兴特色果类创新团队
建设依托单位: 果树研究所
首席专家：许家辉
重点任务：（1）新兴特色果类（莲雾、蓝莓、杨梅等）种质资源与品种选育研究。（2）新兴特色果类提质增效关键技术研究。
5、水产病害防控创新团队
建设依托单位: 生物技术研究所
首席专家：龚晖
重点任务：（1）福建省名优养殖鱼类病毒性病原研究。（2）水产病害实用免疫防控技术的研发与应用。
6、特色旱地作物创新团队
建设依托单位: 作物研究所
首席专家：陈山虎
重点任务：（1）鲜食玉米品种创新与应用研究。（2）豆类及油料作物品种创新与应用研究。
7、农业政策与乡村发展创新团队
建设依托单位: 农业经济与科技信息研究所
首席专家：曾玉荣
重点任务：（1）现代农业机制体制改革、经济结构调整和科技创新政策研究。（2）农业供给侧结构性改革的政策导向和现代农业农村发展路径。
8、药用植物创新团队
建设依托单位: 农业生物资源研究所
首席专家：陈菁瑛
重点任务：（1）药用植物品种创新与规范化栽培技术体系构建。（2）药用植物功效成份分析与产品创制。
9、特色花卉创新团队
建设依托单位: 作物研究所
首席专家：吴建设
重点任务：（1）特色兰花品种创新及产业化关键技术研究。（2）特色景观花卉品种选育及制种与景观利用技术研发。
10、资源高效利用与产地环境安全创新团队
建设依托单位: 农业生态研究所
首席专家：罗涛
重点任务：（1）种养结合与废弃物资源高效循环利用。（2）农产品产地环境与重金属污染防控。
11、芳香植物创新团队
建设依托单位: 亚热带农业研究所
首席专家：郑开斌
重点任务：（1）芳香植物资源鉴定评价与优异种质挖掘。（2）芳香植物挥发性物质功效成份分析与综合利用技术。
12、智慧农业创新团队
建设依托单位: 数字农业研究所
首席专家：刘善文
重点任务：（1）作物生产过程智能化研究与应用。（2）特色设施农业数字化管理系统研究与应用。
（三）青年创新团队（12个）
1、抗生素替代物研发创新团队
建设依托单位: 生物技术研究所
首席专家：林晨韬
重点任务：以大黄鱼、鳗鲡等福建省主要经济鱼类及生猪为研究对象，建立模式动物对病原菌的免疫应答模型，探索免疫制剂防控动物病害，研发免疫增强剂、微生态制剂和抗菌肽制剂。
2、作物重大刺 (锉) 吸性害虫监测预警及防控创新团队
建设依托单位: 植物保护研究所
首席专家：陈 勇
重点任务：主要以飞虱、粉虱、蓟马等作物重大刺 (锉) 吸性害虫为对象，开展预警监测、诱杀技术、生物防治等防控技术研发，制订防控技术规程。
3、水稻重要农艺性状基因的挖掘和应用创新团队
建设依托单位: 水稻研究所
首席专家：杨德卫
重点任务：利用收集不同来源的栽培稻和野生稻材料，开展产量和抗病基因的挖掘与优异新材料的创制。
4、植物天然产物生物加工创新团队
建设依托单位: 亚热带农业研究所
首席专家：邱珊莲
重点任务：植物提取物发酵产物功效与微生物转化工艺技术研究。
5、珍稀食用菌精深加工与功能食品研发创新团队
建设依托单位: 农业工程技术研究所
首席专家：赖谱富
重点任务：珍稀食用菌活性因子制备和加工副产物综合利用技术集成及功能营养食品的创制。
6、葡萄、猕猴桃产业提质增效创新团队
建设依托单位: 果树研究所
首席专家：雷龑
重点任务：设施葡萄、猕猴桃品种筛选及品质提升关键技术研究。
7、现代农业科研院所绩效管理研究创新团队
建设依托单位: 农业经济与科技信息研究所
首席专家：池敏青
重点任务：现代农业科研院所科技创新能力评估体系构建及其应用。
8、坡耕地氮磷面源污染风险评估与防控技术创新团队
建设依托单位: 农业生态研究所
首席专家：罗旭辉
重点任务：柚园氮磷流失特征与风险评估及阻控关键技术研发，构建蜜柚园氮磷负荷消减与高优生产耦合模式。
9、碳计量与低碳农业技术创新团队
建设依托单位: 农业生态研究所
首席专家：王义祥
重点任务：农业废弃物生物炭化新技术新产品研发及生物炭在土壤改良与固碳减排上的应用。
10、畜禽新发疫病病原分子生物学研究创新团队
建设依托单位: 畜牧兽医研究所
首席专家：万春和
重点任务：开展畜禽新发疫病（鸭短喙侏儒综合征、仔猪顽固性腹泻和牛羊支原体病）病原分子生物学研究，明确基因组、重要功能基因及主要功能基因差异区分子特征和遗传进化关系。
11、茶树种质资源创新团队
建设依托单位: 茶叶研究所
首席专家：王让剑
重点任务：高/低功能性成分茶树种质资源筛选、茶树群体遗传结构与遗传多样性分析研究，发掘一批茶叶香气等茶树次生代谢物质含量相关的功能性标记。
12、土壤肥力与微生物资源创新团队
建设依托单位: 土壤肥料研究所
首席专家：方宇
重点任务：分析土壤中功能菌多样性的变化规律及其响应机制，筛选特殊功能的微生物菌群（例如高温菌、拮抗菌等），探索功能菌在新型有机肥研发中的应用。