福建省农业科学院生物技术研究所成立于1989年（原名农牧业与红萍生物技术研究中心）。开展主要农作物基因资源挖掘与利用、生物育种共性关键技术、新材料创制及生物安全评价、作物品种设计、农业生物转基因等基础研究与应用；开展水产动物病原学与免疫学、病害防控关键技术、健康养殖等基础研究与应用；开展特色园艺植物生长发育和遗传改良、生物种苗基础研究与应用。提供相关技术咨询、培训和成果转化等技术服务。
现有职工62人，其中高级职称31人，博士28人，国务院特殊津贴专家1名，福建省百千万人才1名，福建省科技创新领军人才1名，福建省产业体系岗位专家1名。设置作物分子设计技术、水稻种质资源创新与生物育种、玉米种质资源创新与生物育种、水产病原学与病害防控、水产绿色健康养殖、特色水产良种繁育、特色园艺种质创新与种苗工程、特色园艺种苗生长发育调控等共8个研究室。设有福建省农业遗传工程重点实验室、福建省水稻转基因育种工程技术研究中心和福建省水产病害防治工程技术研究中心等3个省级科研平台。
建所以来，获得国家、部省级科技成果奖17项；育成水稻新品种83个、玉米新品种7个；获得新品种权18个；授权国家专利98项，其中发明专利69项；制定农业行业标准3项、地方标准1项。其中：“水稻恢复系闽恢3301的选育与应用”获得2015年度省科学技术进步一等奖，累计推广超3000万亩，新增社会经济效益超17亿元；“水稻抗稻瘟病机制解析及基因挖掘与应用”获2023年度福建省科学技术进步奖一等奖。构建百合种球三级繁育技术体系，打破种球繁育的技术壁垒和进口依赖，实现从“卡脖子”到“种球自由”。选育的普通玉米新品种“黄金棒696”率先走出福建，首次在全国玉米主产区“黄淮海”推广。以第一作者单位在国际权威刊物《Nature》上发表研究论文，该研究开创性地运用分子技术探讨稻田甲烷减排新途径，对于应对全球气候变化具有深远意义。