食用菌种质资源研究室主要开展菌物资源调查、野生与栽培食用菌种质资源的收集、保藏、鉴定、评价和利用等研究，同时承担食用菌种质资源库与菌物标本馆（FFAAS）的建设、保藏、维护、共享及菌物科普等工作。通过野外考察收集，国内外征集，以及各育种单位、菌种保藏单位间种质资源交流，目前种质库保藏各类食药用菌1605株，其中双孢蘑菇505株，保藏量全球第三。此外还有其它食药用菌种类54种，1100株，涵盖了国内大部分可栽培食药用菌品种。馆藏大型真菌标本3000多份，模式标本32份。现有科研人员4人，其中研究员1名，副研究员1名，博士1人，硕士3人，省百千万工程领军人才1名。

主持与参加国际合作、国家和省部级科研项目40多项；主编3部和参编5部专著，在国内外发表50多篇科研论文(其中SCI 8篇)，发表了4个新种，主持获中国专利优秀奖（2016）、省技术发明二等奖（2012）和省专利二等奖（2014），第六届福建紫金科技创新奖，参加获得国家科技进步二等奖1项（2012，排名第3），其他省部级科技进步二等奖3项、三等奖2项，获得授权国家发明专利6项，制订省地方标准1项。