“菌草微生物重点实验室”由福建省农业科学院、中福海峡（平潭）股份有限公司和福建省进福公益慈善基金会共同建设，依托单位为福建省农业科学院资源环境与土壤肥料研究所。建设目标是充分挖掘和利用科研人才、技术基础、装备条件，深入开展菌草微生物研究与产业应用，包括菌草种质资源收集与新品种创制、菌草绿色低碳高效栽培、菌草机械化采收、菌草微生物种质资源收集与利用、菌草高值化利用等，构建“菌草+”&“微生物+”模式的菌草微生物科研和产业体系，开辟草与菌交叉的科学研究与应用新领域，将“菌草微生物重点实验室”打造成集应用基础研究、设备创制、产品研发、成果转化、技术服务和人才培养等为一体的科技创新与服务平台，并实现研发的相关技术、设备和产品产业化。