福建省农业科学院莆田分院成立于2019年10月，由福建省农业科学院与莆田市人民政府联合共建，以服务莆田市特色现代农业发展、提供技术支撑为目的，努力打造成为福建省农业科学院区域科技创新与示范推广基地，新成果、新技术、新模式的孵化器，院地科技合作交流的区域平台。

莆田分院依托莆田市农业科学研究所建设，下设园艺作物研究中心、畜禽研究中心、生态农业研究中心、数字农业研究中心等四个研究中心。重点开展莆田地域特色“四大名果”、蔬菜、食用菌等品种改良创新，推进畜禽疫病防控和健康养殖、木兰溪流域农业面源污染防治和绿色种养以及“互联网+”、智慧农业等现代农业新技术、新模式的研究应用、成果转化和示范推广，提升莆田市农业科技创新综合实力，助力乡村产业振兴、生态振兴、人才振兴。