福建省农业科学院厦门分院设在厦门市农业技术推广中心（厦门市农业科学研究院），主要职责是组织协调福建省农业科学院与厦门市人民政府战略合作框架协议的相关事宜，以及福建省农业科学院与厦门市农业技术推广中心（厦门市农业科学研究院）开展项目合作、人才培养、成果转化等事宜。
分院下设办公室、特色作物研究中心、厦台农业融合发展研究中心、农产品加工研究中心、农业生态保护研究中心、数字农业研究中心、植物生物安全中心。重点以厦门地区种子种苗、果蔬、花卉、中药材、农产品加工等优势特色产业为重点，着力提升厦门市农业科技创新综合实力，统筹发展科技农业、绿色农业、质量农业、品牌农业，努力把农业建成现代化大产业，为推动厦门市农业高质量发展和乡村全面振兴提供更加有力的科技支撑。