福建省农业科学院果树研究所成立于1960年，位于福州市晋安区新店镇埔垱，占地面积32公顷，是从事果树新品种选育、栽培技术、生物技术、生理生化、贮藏保鲜、种质资源收集保存与创新利用等研究，以及相关技术与产品研发、技术成果推广的专业研究所。

本所研究实力雄厚，2005年被科技部评为全国农林科研机构科技竞争力百强研究所；2010年9月被福建省科学技术协会、中共福建省委宣传部联合授予“福建省科普教育基地”称号。果树研究所现建有国家龙眼枇杷种质资源圃（福州）、国家园艺种质资源库福州龙眼枇杷分库、国家园艺种质资源库亚热带果树分库、国家热带植物种质资源库余甘子种质资源分库、福建省特色果树种质资源圃、福建省落叶果树种质资源圃、国家热带水果改良中心福州龙眼分中心、福州龙眼枇杷国家野外科学观测研究站、农业部农药登记田间药效试验认证单位、福建省龙眼枇杷育种工程技术研究中心、福建省落叶果树工程技术研究中心、福建省植物营养与肥料重点实验室（与资环所共建）等科技平台。承担国家现代农业产业技术体系“二岗二站”：国家荔枝龙眼产业技术体系龙眼品种改良岗位、国家特色水果产业技术体系枇杷种质资源评价与品种改良岗位、国家梨产业技术体系福州综合试验站、国家葡萄产业技术体系福州综合试验站。主办《东南园艺》学术期刊。组织架构和人员结构合理，设有龙眼枇杷研究室、柑橘研究室、落叶果树研究室、特色果树研究室、水果品质与采后处理研究室。行政管理科室分别为：办公室、科研管理室（编辑部）。现有职工66人，其中正高职称12人、副高职称20人，博士23人。“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人，享受国务院特殊津贴1人，全国杰出专业技术人才1人，全国农业科研杰出人才1人，全国农业科技推广标兵1人，福建省科学技术重大贡献奖1人，福建省百千万人才1人，福建省省级高层次人才-A类人才1人、C类人才7人，福建省青年科技奖3人。 

    建所以来，共取得省部级以上科技成果奖励77项。其中，国家科技进步二等奖5项（主持2项），国家科技进步三等奖1项，国家发明奖1项，国家星火奖1项；农业部奖励9项（一等奖4项）；省科技进步奖47项（一等奖4项，二等奖8项）。育成的品种通过国家审（认）定19个，省级审（认）定44个，植物新品种权19个；获颁农业行业标准17项，地方标准15项；授权国家发明专利232件；出版论著43部；发表学术论文1800多篇。搜集保存果树种质资源2000多份，培育出龙眼、枇杷、荔枝、柑橘、橄榄、杨梅、黄皮、番木瓜、桃、李、梨、葡萄、柿子、番荔枝、火龙果、莲雾等新品种（系）500多个，取得了显著的社会效益和经济效益。