福建省农产品（食品）加工重点实验室是福建省科学技术厅于2013年授牌成立。中心现有科研人员21人，其中高级职称11人、硕博士18人、国务院政府特殊津贴专家2人、福建省杰出科技人才1人、福建省百千万人才2人、福建省青年科技人才1人、福建省高层次B类人才2人及C类人才6人。近10年来获得福建省科技进步奖二等奖4项、三等奖6项、中华农业科技奖三等奖1项；授权国家发明专利103件；修订国家标准及福建省地方标准各1个；发表科技论文180多篇。

重点实验室主要开展：（1）食品加工资源挖掘、评价与应用：基于原料品质学、营养功能评价、指纹图谱、酶学特性及分子生物学等技术手段，进行农产品和海产品的加工原料及微生物菌种资源挖掘、评价与应用。（2）食品加工关键技术及产品研发：集成应用生物发酵、生物合成、菌落组装、酶工程、智能加工等技术，提升传统加工技术并研发新技术，破解其作用机制，创制精深加工产品及功能型健康产品或配料。（3）食品营养功效评价及风险控制：动态监测食品加工过程品质指标，掌握营养风味最大化保有技术，以及有害物质风险最少化调控技术；围绕肠道微生态、营养代谢互作、亚健康调控等领域，进行多维度功能验证与评价。（4）农产品加工副产物综合利用：以生物加工、酶工程、生物发酵、高效提纯等现代高新技术，对农产品加工副产物进行梯度增值利用，构建节能、减排、降耗、增效的环境友好型加工技术体系。（5）成果技术中试与转化：进行技术成果中试及产业化生产的工艺流程及关键技术研发；借助省科特派及科企共建示范基地等平台，提供技术服务及产品创制。