福建省农业科学院农产品加工研究所（Institute of Food Science and Technology，Fujian Academy of Agricultural Sciences），成立于1980年（原名地热农业利用研究所，2005年更名为农业工程技术研究所，2023年变更为现名），为福建省省属农业科研事业单位。目前研究所内设2个管理科室，分别为办公室、科管室；内设4个研究室，分别为果蔬加工与食品发酵研究室、食用菌加工与功能食品研究室、植物基活性物质与营养科学研究室、水产与畜禽加工研究室；下设8个研究团队，分别为食品微生物选育与应用创新团队、果蔬生物加工技术创新团队、食用菌保鲜及精深加工创新团队、功能营养食品创制团队、营养与功效评价创新团队、植物基活性物质代谢调控创新团队、水产畜禽与预制菜加工创新团队、农业副产物利用创新团队。

农产品加工研究所主要开展水果、蔬菜、食用菌及粮油、水产等食品发酵、微生物种质资源收集与利用、功能食品、生物活性物质、新产品研发、副产物综合利用、农业环境工程等的基础研究与应用等研究；提供农产品加工应用技术的咨询人员培训与成果转化、技术推广服务等。现有在职职工50人，其中高级职称21人，博硕士31人，享受国务院政府特殊津贴1人、福建省杰出科技人才1人、福建省百千万人才工程人选2人、福建省高层次B类人才1人及C类人才7人、福建省“雏鹰计划”青年拔尖人才1人、福建省青年托举人才1人、福建省青年科技奖人选1人、福州市青年科技奖人选1人。共获国家、部省级科技成果奖29项，授权专利175件。

现有科学研究场所2500m²及中试基地2167m²，建有农业农村部亚热带特色果蔬菌加工重点实验室（部省共建）、国家食用菌加工技术研发分中心、福建省农产品（食品）加工重点实验室、福建省食品生物发酵技术工程研究中心、福建省农产品发酵加工工程技术研究中心、福建省级产学研合作示范基地等8个省部级以上平台，是福建农林大学、福州大学、福建农业职业技术学院、福建省葡萄酒文化协会等的教研实训基地。