福建省农业科学院水稻研究所成立于1975年（原名稻麦研究所），2005年更为现名，其前身是1935年成立的福建省农林改良总场长乐分场。现有在职职工86人，其中高级职称研究人员31人，国家级专家1人，省级优秀专家1人，省百千万人才人选3人，博士(生)22名，硕士(生)27名，留学归国学者5名，享受国务院特殊津贴专家2名；国家、省产业体系专家5名。

设有水稻遗传育种研究室、水稻分子育种研究室、稻作技术研究室、水稻种质资源与评价利用研究室、水稻种质创制研究室5个研究科室。为福建省粮食安全与保障水稻良种供给的技术依托单位，主要开展水稻品种选育理论、技术和方法，福建省水稻地方资源收集、保存及国内外种质资源的引进、评价，水稻新材料创制和新品种选育，水稻基因库建立及挖掘利用，水稻高效栽培及机械化、轻简化技术，水稻新品种区域试验评价等研究，以及示范推广。

拥有国家水稻工程实验室、国家水稻改良中心福州分中心、闽台作物有害生物生态防控国家重点实验室、福建省作物种质创新与分子育种省部共建国家重点实验室培育基地、杂交水稻国家重点实验室华南研究基地、农业部华南杂交水稻种质创新与分子育种重点实验室、农业部闽台农作物种质资源利用重点开放实验室、国家水稻种质资源中期库、农业部作物基因资源与种质创制福建科学观测实验站、福建省作物分子育种工程实验室等10多个国家、省部级创新平台。《福建稻麦科技》是所创办的省级CN正式刊物，为福建省水稻生产提供理论、技术交流和指导平台。

自建所以来，获国家、省部级各类科技成果奖110多项，入选“全国农林科研机构科技竞争力百强单位”行列（两次），连续获得五届省文明单位称号，是全国、省五一劳动奖状获得单位，获植物新品种权58项；授权国家发明专利7件、实用新型专利32件，制定地方标准2项。在水稻超高产育种、优质稻育种、生物诱变育种、抗稻瘟材料创制、再生稻高产高效种植技术等方面居国内领先水平。育成近300个水稻新品种，其中育成超级稻新品种5个（全省共7个），育成福建省首个拥有自主知识产权的米质达部颁一级米标准的杂交中稻“荃优212”，选育的新品种“宜优嘉7”在第二届全国优质稻品种食味品质鉴评中，获籼稻组金奖。

近年来，优质稻选育与应用方面居于全省领先地位，选育的品种多次获得福建省优质稻食味品质鉴评金、银、铜奖，科技成果转化成效显著。据不完全统计，水稻所选育的新品种占全省选育的水稻新品种50%以上，累计在省内外推广近3亿亩，增产150多亿公斤，创社会效益100多亿元。

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