红萍资源圃始建于1979年，1983年福建省政府与国家农牧渔业部合作创办红萍固氮研究中心，1987年农牧渔业部批准依托福建省农业科学院红萍研究中心（2005年更名为农业生态研究所）设立“国家红萍资源中心”，开展水生绿肥红萍（满江红）种质资源的收集、保存、研究、利用和交换工作。2012年“国家红萍资源中心”纳入国家农作物种质资源保护项目，命名为“国家红萍种质圃（福州）”，正式对外开放，为我国及全球红萍育种、生产和其他科研需要提供公益性共享服务，向公众开展资源展示和科普宣传。2015年，国家红萍种质圃（福州）获农业部改扩建项目资助，于2019年完成了改扩建，资源安全保存能力提升到2000份以上。2017年以来，在国家绿肥产业技术体系、国家农作物资源保护等相关项目的支持下，国家红萍资源圃与国家绿肥体系红萍及水生绿肥资源评价与选育岗位团队密切协同，加快红萍资源的收集保存、评价选育和综合利用研究以及科普宣传工作，取得良好成效。

　　至2022年，国家红萍种质资源圃（福州）安全保存1个科、1个属、6个种的红萍种质资源共620份，其中国内资源228份，国外引进资源392份；特色资源211份，野生资源342份，是目前世界上保存红萍资源数量最多、品种最全的资源圃，这些红萍种质资源来自菲律宾等国外32个国家（地区）、福建省等国内18个省（市、区），具有广泛的区域代表性与物种多样性。

　　在历代红萍资源工作者的接力努力下，红萍资源圃于2022年8月入选第一批国家农作物种质资源库（圃），命名为“国家红萍种质资源圃（福州）”，为加强红萍种质资源的保护与利用奠定坚实基础。