福建省农业科学院亚热带农业研究所前身为“福建省甘蔗试验站”，成立于1958年，设在龙溪专区农科所内，隶属福建省农业厅。1960年11月改隶属福建省农业科学院，并增加麻类科研任务，改称“福建省蔗麻试验站”；1963年更名为“福建省工业原料作物研究所”；1970年下放龙溪地区，与地区农科所、地区鱼种场合并为“龙溪地区农业技术推广站”；1973年再独立，更名为“龙溪地区工业原料作物研究所”，1974年更名为“龙溪地区甘蔗麻类研究所”；1975年更名为“福建省农业科学院甘蔗麻类研究所”；1985年更名为“福建省农业科学院甘蔗研究所”；2016年更为现名“福建省农业科学院亚热带农业研究所”，并加挂“福建省农业科学院蔗麻研究中心”牌子。