1979年，在全国农业科研工作得到复苏的背景下，福建省农业科学院党委决定筹备建立院中心实验室。筹备期实验室名称暂定为“院中心化验室”，人员建制隶属于院科研处。筹备初期人员有林汉章、郭根和、钱爱萍、林淑芳、林淑香、 吴依忠、李开本等几位同志，由林汉章同志负责。1980年之后，由应届大学毕业生和其他科研单位陆续选调了一批科研人员（主要为重点大学理工科专业毕业生）。这些同志到岗伊始，即被派往中国农业科学院和中科院进修，学习掌握各种大型进口精密仪器的使用方法和检测手段。在人员不断充实的同时，选购配置仪器的工作同步进行。仪器购置资金由院部筹措，具体购买仪器工作由院科研处仪器科负责。经过4年的努力，安装并投入使用的大型仪器有10台套，基本覆盖了农业科研所需检测项目的范围，各机组检测人员也已熟练掌握了仪器的操作技能和检测方法，正式成立院中心实验室的时机已趋成熟。 

        1984年4月，院中心实验室结束了筹备期的试运行工作，由原“院中心化验室”正式更名为“福建省农业科学院中心实验室”。中心实验室为独立建制、正处级单位，人事编制隶属院直接领导。建室之初，全室工作人员共计 31人。实验室内部机构分为电子显微镜实验室、光谱实验室、色谱实验室、同位素实验室、办公室五个部门。

        院中心实验室1989年获福建省科学技术厅批准，设立 “福建省精密仪器农业测试重点公共实验室”；1991年经福建省质量技术监督局授权，设立“福建省水产饲料质量监督检验站”，并获得省级检验机构计量认证（CMA）资质；2007年获得国家认可实验室（CNAS）资质；2011年被授予农业部农产品质量安全风险评估实验室（福州）。目前具有承担包括农（兽）药残留、重金属、氨基酸等生化指标、生物毒素等31个类别590个参数的对外检测服务能力。

        2016年1月6日原“福建省农业科学院中心实验室”根据省委编办（闽委编办〔2016〕4号文件）批复更名为“福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所”，并分别向福建省技术监督局、中国合格评定国家认可委等相关机构更名备案。研究所对外承担法律责任和义务，是完全独立的第三方公正检验机构。主要职责是以应用基础研究和应用研究为主，开展农产品质量安全、农业质量标准与检测技术研究。承担农产品的质量评价、安全限量、农业标准研究与制订修订、质量安全风险评估与管理、质量控制监管技术对策研究、检测技术与方法研究以及测试技术服务等，承担农产品质量、安全、标准和检测技术中的重大科技问题研究。质标所实行创新研究体系和检测技术服务体系双重管理模式。

        目前，质标所在农业部、省科技厅、省财政厅等相关部门的大力支持下，已配备了各种大型精密分析仪器，引进专业技术人才，不断完善管理制度和运行机制，建立了不同领域的检测技术和方法，不仅可为农业、水产饲料等行业提供优质的分析测试服务，还可为全省各类高校、科研院所、企事业单位的重点攻关课题提供大量的测试数据和分析结果。