质标所配套设施完善，仪器设备先进。建筑面积3900平方米，实验室面积2600 平方米；现有透射电子显微镜、扫描电子显微镜、超高效液相色谱三重四极杆质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪、气相色谱三重四极杆质谱联用仪、电感耦合等离子发射光谱仪、氨基酸自动分析仪、气相色谱仪、高效液相色谱仪、石墨炉原子吸收光谱仪、原子荧光光谱仪、超薄切片机、超高压液相色谱/四级杆串联飞行时间液质系统LC-QTOF、超高压液相色谱-三重四级杆串联质谱仪LC-MS/MS和膳食纤维测定仪和全自动凯氏定氮仪等检测设备200多台（套），总价值3160多万元。

“十三五”以来，在福建省科技厅开展的大型科学仪器设备协作共用服务绩效考核中取得佳绩，获入网成员单位绩效考核二等奖，同时氨基酸自动分析仪获大型科学仪器入网仪器一等奖，扫描电子显微镜获二等奖，高效液相色谱仪获三等奖。